Tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế quy định việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: “Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiện phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ”.

Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính cũng quy định việc tổ chức thu thuế GTGT: “Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa NK”.

Ngoài ra, tại khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định: “Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 132 thông tư này. Số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế NK (nếu có)”.

Theo Tổng cục Hải quan, đối chiếu với các quy định hiện hành, cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hóa NK. Việc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế./.